Les bactéries jouent un rôle dans la photosynthèse des plantes aquatiques se trouvant dans l'aquarium. Celles-ci, différentes de celles trouvées dans les filtres d'aquarium, vont favoriser l'assimilation de certaines substances dissoutes avec la chlorophylle.
Si l'aquariophilie d'eau douce ne peut envisager sereinement que l'exploitation des plantes aquatiques pour participer à la diminution des déchets organiques par assimilation d'ammoniac sous sa forme NH3 au cours de la dénitrification anaérobie, l'aquariophilie marine exploite essentiellement les algues, tant l'algue endosymbiotique des coraux, la zooxanthelle mais aussi, souvent sans le savoir, la cyanobactérie qui est une sorte d'algue (mais reclassée récemment parmi le règne Bacteria).
C'est là encore une différence fondamentale entre la gestion d'un aquarium d'eau douce et un aquarium marin, la photosynthèse étant réalisée par des organismes très différents mais aboutissants au même résultat, les bactéries étant sensiblement différentes mais réalisant un travail similaire.
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